传统鉴定方法因受到遗传可变性[15]、表形可塑性[16]、化学成分复杂性[17]的影响，常常具有一定的局限性。20世纪70年代末期以来，随着分子生物学和信息学的快速发展，产生了更加直接、准确的分子鉴定方法。1980年，Botsein等[18]提出限制性内切酶片段长度多态性技术(RFLP)，其基本原理是基因组经限制性内切酶消化后，通过Southern印迹和特定序列探针杂交后显示出遗传位点的等位变异，结果稳定可靠，但操作复杂、耗时较长，实践中常使用与聚合酶链式反应技术(PCR)结合的PCR-RFLP技术进行鉴定。期间，蛋白质电泳分离技术[19]被广泛应用于分子诊断。1990年，Williams等[20]提出以PCR为基础的随机扩增多态性DNA标记(RAPD)技术，但扩增结果的稳定性较差。简单重复序列标记(SSR)通过设计的引物进行扩增，快速稳定，且多态性较高，呈共显性遗传，被广泛用于种质鉴定[21]。1993年，Zabeau Mare和Vos Pieter[22]发明了扩增片段长度多态性技术(AFLP)，其基本原理是对基因组酶切片段进行选择性扩增。1991年，香港中文大学邵鹏柱团队[23]运用了RAPD和随机引物PCR技术(AP-PCR)在人参与西洋参中进行DNA指纹鉴别，发表了第一篇中药分子鉴定英文论文。1994年，Zietkiewicz等[24]提出了简单序列重复区间扩增多态性技术(ISSR) ......